ANISEED
- delphinedauga
- Nov 7, 2024
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Updated: Feb 2
ANISEED (Ascidian Network for In Situ Expression and Embryological Data) est une base de données spécialisée dédiée aux tuniciers, un groupe d’organismes marins modèles en biologie du développement et en génomique évolutive. Développée pour centraliser et structurer les connaissances sur ces espèces, elle intègre des informations détaillées sur l’anatomie, l’expression des gènes, les interactions régulatrices et les phénotypes morphologiques.
Cette plateforme s’appuie sur des ontologies standardisées et suit les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) afin d’assurer une interopérabilité optimale avec d’autres bases de données biologiques. ANISEED permet ainsi aux chercheurs d’accéder à des annotations rigoureuses, à des reconstructions 3D d’embryons, et à des modèles de réseaux génétiques, facilitant les études comparatives et la compréhension des mécanismes du développement embryonnaire.
En évolution constante grâce aux contributions de la communauté scientifique, ANISEED constitue un outil essentiel pour l’analyse intégrée des données sur les ascidies et leur exploitation dans des contextes de biologie évolutive et de régulation génétique.
Travail réalisé, 2006-2022 :
De 2006 à 2012, en tant que salariée de l’équipe Lemaire à l'IBDM, j’ai contribué au développement et à la structuration d’ANISEED, la base de données de référence sur les ascidies. En 2012, avec la création de Bioself, j’ai poursuivi cette collaboration, en assurant la formalisation, l’annotation et l’intégration des données selon des standards FAIR. Cet engagement durable a permis d’améliorer l’accessibilité, l’interopérabilité et la valorisation des données au sein de la communauté scientifique travaillant sur les tuniciers.
Formalisation des données et définition de standards
Définition des ontologies anatomiques pour les espèces d’ascidies.
Développement et extension des ontologies moléculaires en collaboration avec ECO (Evidence Code Ontology).
Participation à l’évolution de PATO (Phenotypic Quality Ontology) en identifiant des termes manquants pour la description des phénotypes.
Participation à l’évolution de MISFISHIE (Minimum Information Specification For In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments) en identifiant des termes manquants pour la description des phénotypes des expériences d’hybridation in situ et d’immunohistochimie.
Élaboration d'une nomenclature des éléments génétiques pour la structuration des données sur les séquences cis-régulatrices, en s’appuyant sur le système MISFISHIE.
Conception du format AMIS (Article Minimum Information Standard), une approche novatrice pour la représentation des articles scientifiques, permettant d’identifier, de catégoriser et de relier chaque expérience aux preuves associées.
Contribution majeure à la refonte du schéma de la base de données ANISEED, selon le formalisme CHADO.
Gestion et intégration des données dans ANISEED
Veille bibliographique pour sélectionner les articles d'interêt.
Extraction et structuration des données issues de la littérature scientifique.
Annotation des séquences régulatrices, des profils d’expression et des phénotypes morphologiques, à partir d’articles publiés et de communications scientifiques.
Reconstruction 3D d’embryons d’ascidies pour l’analyse des structures développementales.
Communication et diffusion scientifique
Co-organisation du premier workshop international du Tunicate Information System en 2010.
Participation sur invitation au GMOD Tools for Evolutionary Biology Hackathon en 2010.
Conférencière invitée au 4e meeting international des biocurateurs en 2010.
Présentation orale aux rencontres internationales sur les tuniciers en 2009.
Formation des utilisateurs à ANISEED, avec la visite de plus d'une 20aine de laboratoires.
Rédaction de rapports et de tutoriels pour accompagner l’utilisation des outils développés.
Organisation de vidéoconférences réunissant les principaux acteurs du projet Tunicate Information System.
Mise en place et optimisation des outils de communication : portail web, wiki et amélioration du référencement SEO.
Refonte du site internet pour améliorer l’expérience utilisateur et l’adapter au public cible.
Ce travail a permis de renforcer la structuration, la standardisation et la valorisation des données dans un cadre conforme aux principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable). En améliorant l’accessibilité et l’interopérabilité des données, il a contribué à une meilleure exploitation par la communauté scientifique et à une collaboration accrue entre chercheurs travaillant sur les tuniciers et la biologie du développement.
